Avis favorable de la HAS pour la prise en charge de la détection du Covid-19 par RT-PCR sur prélèvement salivaire

Dans un avis rendu ce matin, la Haute Autorité de Santé(HAS) a déclaré être favorable à la prise en charge de la détection du génome du virus SARS-CoV-2 par RT-PCR sur prélèvement salivaire dans certaines indications. Une bonne nouvelle pour les enfants !

Une bonne sensibilité pour les tests RT-PCR salivaires

Le 18 septembre dernier  la HAS avait déjà donné un avis favorable au remboursement des tests salivaires PCR  la détection du génome du virus SARS-CoV-2 par technique de transcription inverse suivie d’une pour les  patients symptomatiques – les plus vulnérables -  non hospitalisés jusqu’à 7 jours après apparition des symptômes. Puis le 22 janvier elle avait considéré que le recours aux tests PCR salivaires présentait un intérêt même en l’absence de symptômes, notamment dans des situations nécessitant des tests itératifs.
Aujourd’hui  la HAS a actualisé sa méta analyse qui indique que  « les tests RT-PCR salivaires ont une sensibilité satisfaisante quoique plus faible que celle des tests RT-PCR nasopharyngés : 85% [81%-88%] et 92% [90%-94%] respectivement (différence statistiquement significative). »  La HAS indique que cette sensibilité dépasse le seuil de 80% fixé dans ses avis précédents sur les tests antigéniques.

Peu de faux négatifs
Moins de 5% des tests seraient faussement négatifs avec une valeur prédictive négative  d’au moins
0,94 contre 0,98 pour les tests nasopharyngés.
- en population asymptomatique : la proportion de résultats faussement négatifs pourrait augmenter d’environ 1% si les tests RT-PCR salivaires venaient à se substituer aux tests RT-PCR nasopharyngés
- en population symptomatique  cette proportion pourrait augmenter d’environ 2 à 3 % (au plus, 4,5 vs 1,5 % des sujets testés).
La HAS précise que si le test salivaire est mieux accepté par les patients, il est en revanche plus contraignant  d’un point de vue organisationnel pour les laboratoires.

La HAS favorable aux tests salivaires dans les écoles
La HAS est favorable aux tests salivaires « pour les personnes asymptomatiques en première intention dans le cadre d’un dépistage à large échelle sur population fermée (par exemple au sein d’écoles, collèges, lycées, universités, personnels d’établissement de santé ou d’EHPAD ». Concernant les personnes-contacts, «  le test  salivaire est désormais indiquée en seconde intention lors du « contact tracing » chez les personnes-contact lorsque le prélèvement nasopharyngé est difficile ou impossible. »

Pour les patients symptomatiques, cela ne change pas
Le test PCR salivaire est indiqué en seconde intention chez les patients symptomatiques lors du diagnostic à l’infection à virus SARS-CoV-2 quand le prélèvement nasopharyngé est difficile ou impossible.
Auto-prélèvement salivaire possible au domicile
Le prélèvement salivaire peut-être réalisé en auto-prélèvement – après informations détaillées - au laboratoire de biologie médicale, au domicile ou sur le site de dépistage ».

Des conditions de prélèvements strictes
- Le prélèvement salivaire doit être réalisé plus de 30 minutes après la dernière prise de boisson, d’aliment, de cigarette / e-cigarette, d’un brossage des dents ou d’un rinçage bucco-dentaire.
- Le crachat salivaire doit se faire dans un flacon sec et stérile.
- Un volume minimal de salive est nécessaire.
Une fois l’auto-prélèvement effectué et conservé à température ambiante, il doit être apporté au laboratoire dans les 5 heures.

Voir l'avis du HAS sur les tests RT-PCR Salivaires
 
Article rédigé par : Isabelle Hallot
Publié le 11 février 2021
Mis à jour le 11 février 2021